Иттить...
Так проще ж некуда, в любой софтине не только в АЕ:
Рубишь ролик (фрагмент) очень приблизительно налопопам и сдвигаешь вторую часть в начало, а первую наоброт в конец. В результате имеешь начало и конец ролика ОДИНАКОВЫМИ! В середине, где стык бывшего начала с бывшим концом фрагмента, делаешь захлёст, надвигаешь друг на друга, что бы сделать mix, cross dosslove, fade - наплыв или "мягкую" склейку в общем. В АЕ для этого, на слое который выше в opacity (вызывается буквой t) поставить 2 точки по началу и концу захлёста, на второй по счёту значение опасити сделать ноль.
Т.е. мы в результате имеем ровное начало и конец естественно продолжающиеся без рывков (циклиться воспроизведение из меню практически любого софверного плеера), ну и закамуфлированный стык в середине. Конечно начало и конец видеофрагмента до разрезания должны хоть немного совпадать визуально.
Это справедливо для видео, а в графике, понятное дело зацикливание ессно делается иначе - одинаковыми координатами "камеры" или движения объекта/модели в начале и конце.
лучше такой закамуфлированный стык делать в конце, потому что опытный глаз его все равно увидитОпытный "глаз" его увидит хоть где

Суть в том что бы его вообще было как можно менее заметно и что бы не в начале, а уж где он получиться - не суть. Можно же сдвигать границы стыка что бы подогнать под наиболее удачное место - ну например с волнами или колышащейся травой.