Пыль - извечный "друг" фотографа. То на плёнке маялись, теперь матрицы в пыли. Только с матрицей картинка ещё хуже получается в отношении пыли. Наверное нужно снимать фотиками, запаянными в полиэтилен. И оптику не менять.

Я одному челу, предметнику, когда он жутко матрицу засрал, пятна ретушировал по карте ретуши. Красной кистью потыкал все пылинки на новом слое и сохранил файлик. Потом копипастом вставлял этот слой, загружал его как выделение, переходил на изображение и заплаткой смещал на несколько пикселей. Потом маленько правил косяки такой экспресс-ретуши. Но это самый оперативный способ. Записывается макрос и все дела.